Employé malade : ce que l’employeur doit faire, payer et éviter

Quand un collaborateur tombe malade, demandez un certificat médical dès le jour prévu par son contrat, et continuez de verser son salaire. Avec une assurance perte de gain maladie, vous annoncez le cas à l’assureur et payez seul pendant le délai d’attente ; l’assurance prend ensuite le relais, en général à 80 % pendant deux ans. Sans assurance, vous devez le salaire entier pour un temps limité : trois semaines la première année de service, davantage ensuite (CO, art. 324a). Si l’arrêt dure, signalez le cas à l’AI pour une détection précoce (LAI, art. 3b). Et vous ne pouvez pas le licencier pendant 30, 90 ou 180 jours d’incapacité, selon son ancienneté (CO, art. 336c).

Ce guide suit un arrêt long, du premier jour au retour ou à la fin du contrat. Les règles citées viennent du code des obligations (CO) et de la loi sur l’assurance-invalidité (LAI), consultés en octobre 2026. Les échelles de durée du salaire sont détaillées dans salaire en cas de maladie.

Le calendrier d’un arrêt long

Un exemple : un collaborateur dans sa troisième année de service, en Suisse romande, tombe malade pendant un an. Votre entreprise a une assurance perte de gain à 80 % avec un délai d’attente de 30 jours.

Le calendrier montre l’essentiel : sans assurance, l’entreprise paie deux mois de salaire, et le collaborateur se retrouve sans rien pendant des mois. Avec une assurance, l’entreprise ne paie que le délai d’attente, et le collaborateur garde 80 % de son revenu.

Le certificat médical

La loi ne fixe pas le jour à partir duquel un certificat est exigé : c’est le contrat, le règlement du personnel ou la CCT qui le dit, souvent dès le troisième jour d’absence. Sans règle écrite, vous pouvez le demander dès que l’absence vous paraît devoir être justifiée. Le certificat indique le taux d’incapacité et la durée probable, jamais le diagnostic. Si vous avez des doutes sérieux, le contrat peut prévoir un examen par un médecin-conseil.

Le salaire : avec ou sans assurance

• Sans assurance, vous devez le salaire entier, à condition que le contrat ait duré, ou ait été conclu pour, plus de trois mois : trois semaines la première année de service, puis une durée plus longue selon l’échelle de votre canton. Cette durée vaut pour toute l’année de service : plusieurs absences se cumulent (CO, art. 324a).
• Avec une assurance équivalente, souvent 80 % du salaire pendant 720 ou 730 jours, l’assurance remplace votre obligation (CO, art. 324a, al. 4). Vous payez le délai d’attente, puis l’assureur vous rembourse les indemnités, que vous reversez avec le salaire.
• Avec une CCT, vérifiez ses règles : plusieurs conventions imposent l’assurance et fixent elles-mêmes le taux et le délai d’attente.

Annoncez le cas à votre assureur dans le délai fixé par les conditions du contrat : un retard peut coûter des indemnités. Voir indemnité journalière maladie pour ce qui se règle dans le contrat.

L’AI : à prévenir tôt

Quand le retour au poste paraît incertain, vous pouvez signaler votre collaborateur à l’office AI de son canton, par écrit, en vue d’une détection précoce (LAI, art. 3b). Le collaborateur, son médecin et votre assureur perte de gain peuvent faire la même démarche. Aucune durée minimale d’absence n’est exigée : plus le signalement est tôt, plus les chances de maintien dans l’emploi sont grandes.

L’office AI informe votre collaborateur et peut vous inviter à un entretien. Il peut proposer des mesures d’intervention précoce : aménagement du poste, reprise progressive, formation. La loi vous demande de collaborer activement à une solution raisonnable (LAI, art. 7c).

Peut-on licencier un collaborateur malade ?

Pas pendant le délai de protection, compté en jours d’incapacité de travail : 30 jours la première année de service, 90 jours de la deuxième à la cinquième, 180 jours dès la sixième (CO, art. 336c). Un congé donné pendant ce délai est nul ; il faudra le redonner après. Un congé donné avant la maladie est suspendu pendant ce délai, puis reprend, et le contrat prend fin au terme suivant, souvent la fin d’un mois.

Après le délai de protection, le licenciement est possible, à condition de ne pas être abusif. Les indemnités de l’assurance perte de gain ne s’arrêtent pas forcément avec le contrat : selon les conditions, votre collaborateur peut passer dans l’assurance individuelle de l’assureur. Informez-le de ce droit, par écrit, au moment du départ.

La reprise

• Reprise partielle : le certificat fixe un taux, par exemple 50 %. Vous payez les heures travaillées, l’assurance indemnise le reste au taux convenu.
• Plan de reprise : convenez par écrit des horaires, des tâches et des étapes, avec le médecin si possible. Les rechutes coûtent moins cher qu’un retour trop rapide.
• Nouvelle absence pour la même maladie : selon le contrat, l’assureur la compte souvent dans le même cas, sans nouveau délai d’attente. Vérifiez la règle dans les conditions.

Ce qu’il faut retenir

• Certificat médical dès le jour prévu par le contrat ; il indique le taux d’incapacité, jamais le diagnostic.
• Sans assurance : salaire entier trois semaines la première année, davantage ensuite, selon l’échelle (CO, art. 324a).
• Avec une assurance équivalente : vous payez le délai d’attente, puis l’assureur verse en général 80 % pendant deux ans.
• Signalez tôt le cas à l’AI pour une détection précoce (LAI, art. 3b) ; aucune durée minimale n’est exigée.
• Pas de licenciement pendant 30, 90 ou 180 jours d’incapacité, selon l’ancienneté (CO, art. 336c).

Le premier arrêt long est souvent celui qui révèle que l’entreprise n’est pas assurée, ou mal. Demandez une offre comparée d’assurance perte de gain maladie : taux, délai d’attente et prime, à conditions égales.